SMP Negeri 3 Batealit berdiri pada tahun 2006 dengan sebagai rintisan sekolah satu atap dengan nama SMP Negeri Satu Atap Bringin. Pada tahun 2008, status sekolah satu atap beralih menjadi SMP reguler dengan nama SMP Negeri 3 Batealit. Sebagai sekolah eks satu atap, SMPN 3 Batealit terletak di lokasi yang relatif jauh dari pusat Kota Jepara. Hal ini berimbas pada terbatasnya siswa yang mendaftar di sekolah ini. Dampak positifnya adalah pengelolaan pembelajaran yang lebih optimal dan lebih bisa memperhatikan masing-masing siswa. Selain itu, kondisi geografis sekolah membuat suasana sekolah menjadi relatif tenang dan nyaman untuk pembelajaran.
Didukung dengan tenaga pendidik dan tenaga kependidikan yang berkompeten, SMP Negeri 3 Batealit terus berinovasi untuk mengembangkan sekolah. Dari tahun ke tahun, sekolah mengalami perkembangan yang cukup signifikan dilihat dari sarana prasarana dan pengelolaannya. Salah satunya melalui keikutsertaan sekolah dalam program sekolah penggerak angkatan 3 pada tahun 2023. Berbagai prestasi juga ditorehkan, baik oleh kepala sekolah, guru maupun siswa pada berbagai ajang lomba di tingkat Kabupaten Jepara. Hal ini berdampak pula pada animo masyarakat yang semakin besar untuk menyekolahkan putra-putrinya.
Sekolah juga menjalin kemitraan yang baik dengan berbagai pihak. Diantaranya adalah SD di sekitar sekolah dalam hal sosialiasi PPDB, Pemerintah Desa Bringin Batealit dalam mendukung program sekolah, Kepolisian Sektor Batealit dan Koramil Batealit sebagai mitra dalam mendukung kedisplinan siswa dan wawasan kebangsaan, Puskesmas Batealit Jepara dalam hal kesehatan remaja, serta berbagai pihak lainnya.
